Wieś leży na zachodnim obrzeżu Pińczowa, w malowniczej okolicy na wyniosłym brzegi Nidy.

Istniała już w XII w. Jan Gryfita, arcybiskup gnieęnieński, przekazał ją na własność fundowanemu przez siebie klasztorowi cystersów w Jędrzejowie. Zakonnicy wydobywali wapień z miejscowego kamieniołomu i wystawili z niego swój romański kompleks klasztorny.

Zachowało się wyrobisko tego wczesnośredniowiecznego kamieniołomu, przypominające swym kształtem krater. Jego wnętrze oraz południowe zbocza zajmuje dziś rezerwat roślinności stepowej. Wzgórze jest punktem widokowym na dolinę Nidy. Między nim, a leżącą na północ wsią Motkowice, znajduje się unikatowa struktura geomorfologiczna – delta śródlądowa. Tworzy ją kilka ramion wolno płynącej rzeki. Toteż płytką dolinę wypełniają kręte starorzecza, nieduże rozlewiska, bagna i cieki wodne. W ten sposób delta sprzyja istnieniu bogatego świata roślin i zwierząt.

Plan okopów rosyjskich nad Skowronnem w 1915 r.

Zauważy to już dawno Dygasiński opisując Skowronno: „Jako ta wieś stoi cała na wodach, wierzba, topola tam rośnie; więc białe ćmy, chruściki, komary różne, latają tak gęsto o zmroku, że człowiek gęby otworzyć nie może – zaraz co wpadnie”.

Dygasiński umieścił w tej wsi akcję swej noweli „Za krowę”, a także pewne partie „Żywotu Beldonka”. Według profesorów pińczowskich, wywodzących się z wymarłej już dzisiaj generacji przełomu XIX i XX w., Skowronno Dolne to występujący w „Syzyfowych pracach” Pajęczyn Dolny, rodzinna wieś Andrzeja Radka, bohatera tej powieści. Do niedawna istniał jeszcze występujący w niej wiejski dwór, ale pozostało z niego tylko rumowisko. (Podobno był on kiedyś zborem ariańskim).

W latach 1914-1915 było Skowronno wsią frontową. Austriacki pułk piechoty, który chciał je zdobyć w grudniu 1914, został niemal doszczętnie wybity. Wielu żołnierzy utopiło się w bagnach. Od marca do maja 1915 r. stała nad Nidą I Brygada Legionów, która, po wycofaniu się Rosjan, sforsowała rzekę i zajęła wieś. Był tu wtedy sam Józef Piłsudski.